library(tidyverse)
library(cowplot)
library(viridis)
library(knitr)
library(kableExtra)



knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=60),tidy=TRUE, echo = TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.align="center")

source("../../IDA/tools/plotting_tools.R")

theme_set(theme_1())

Intro

This experiment was an extension of the 09_17_2019 experiment in which I clearly established inter phenazine ET in solution. Upon starting to write that section of the paper (in vitro ET), I thought it may be useful to test whether or not DNA inhibited the reaction, since PYOox binds strongly to DNA. I assumed DNA would not inhibit, since it’s an equilibrium and there’s always some unbound…but I thought it was worth testing and pretty straightforward. We also knew that PodA could function on PYO in the presence of DNA.

Methods

Experiments were performed in a similar manner to the previous inter-phenazine solution ET notebook (09_17_2019). Mixtures were prepared in the anaerobic chamber with electrochemically reduced phenazines in serum bottles and oxidized phenazine solutions that had been in the chamber for at least 24 hrs. Measurements were done in black walled clear bottom plates that had been in the chamber > 1 week.

Each well contained the following.

150uL per well.

The plate reader program was - abs spectrum, kinetic run (~2min) with abs690, em460, em528, then another abs spectrum. Rows were setup one at a time with 6 wells each. Columns 1-3 did not contain DNA (PBS instead) and columns 4-6 did contain ctDNA.

Results

Here’s the info for each well:

metadata <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_metadata.csv")

metadata %>% kable() %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
well red ox red_ox DNA rep exp
A1 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
A2 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
A3 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
A4 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
A5 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
A6 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
B1 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
B2 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
B3 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
B4 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
B5 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
B6 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
C1 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
C2 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
C3 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
C4 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
C5 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
C6 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
D1 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
D2 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
D3 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
D4 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
D5 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
D6 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp

Abs Spectrum 1

Now let’s read in the first absorbance spectra taken for each condition and we’ll add the appropriate metadata:

df <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_abs_spectra_1.csv") %>% 
    gather(key = "well", value = "intensity", -Wavelength)

df_meta <- left_join(df, metadata, by = "well")

df_meta %>% kable %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
Wavelength well intensity red ox red_ox DNA rep exp
300 A1 0.685 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
310 A1 0.777 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
320 A1 0.569 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
330 A1 0.302 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
340 A1 0.224 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
350 A1 0.212 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
360 A1 0.217 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
370 A1 0.202 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
380 A1 0.181 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
390 A1 0.115 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
400 A1 0.067 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
410 A1 0.052 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
420 A1 0.046 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
430 A1 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
440 A1 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
450 A1 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
460 A1 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
470 A1 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
480 A1 0.039 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
490 A1 0.039 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
500 A1 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
510 A1 0.042 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
520 A1 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
530 A1 0.045 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
540 A1 0.048 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
550 A1 0.051 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
560 A1 0.055 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
570 A1 0.059 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
580 A1 0.064 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
590 A1 0.068 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
600 A1 0.074 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
610 A1 0.079 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
620 A1 0.084 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
630 A1 0.088 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
640 A1 0.093 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
650 A1 0.096 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
660 A1 0.099 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
670 A1 0.101 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
680 A1 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
690 A1 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
700 A1 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
300 A2 0.687 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
310 A2 0.778 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
320 A2 0.570 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
330 A2 0.304 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
340 A2 0.226 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
350 A2 0.214 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
360 A2 0.219 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
370 A2 0.203 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
380 A2 0.181 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
390 A2 0.115 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
400 A2 0.068 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
410 A2 0.052 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
420 A2 0.047 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
430 A2 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
440 A2 0.042 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
450 A2 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
460 A2 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
470 A2 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
480 A2 0.039 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
490 A2 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
500 A2 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
510 A2 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
520 A2 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
530 A2 0.045 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
540 A2 0.048 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
550 A2 0.051 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
560 A2 0.054 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
570 A2 0.058 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
580 A2 0.062 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
590 A2 0.067 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
600 A2 0.072 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
610 A2 0.078 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
620 A2 0.082 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
630 A2 0.087 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
640 A2 0.091 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
650 A2 0.095 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
660 A2 0.098 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
670 A2 0.100 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
680 A2 0.101 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
690 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
700 A2 0.101 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
300 A3 0.706 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
310 A3 0.812 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
320 A3 0.591 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
330 A3 0.308 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
340 A3 0.225 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
350 A3 0.214 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
360 A3 0.222 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
370 A3 0.210 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
380 A3 0.191 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
390 A3 0.121 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
400 A3 0.071 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
410 A3 0.055 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
420 A3 0.049 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
430 A3 0.045 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
440 A3 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
450 A3 0.042 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
460 A3 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
470 A3 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
480 A3 0.039 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
490 A3 0.039 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
500 A3 0.040 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
510 A3 0.041 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
520 A3 0.043 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
530 A3 0.045 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
540 A3 0.049 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
550 A3 0.052 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
560 A3 0.055 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
570 A3 0.060 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
580 A3 0.065 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
590 A3 0.070 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
600 A3 0.076 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
610 A3 0.082 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
620 A3 0.086 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
630 A3 0.091 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
640 A3 0.096 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
650 A3 0.100 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
660 A3 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
670 A3 0.105 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
680 A3 0.106 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
690 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
700 A3 0.106 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
300 A4 0.688 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
310 A4 0.740 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
320 A4 0.551 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
330 A4 0.306 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
340 A4 0.225 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
350 A4 0.209 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
360 A4 0.212 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
370 A4 0.197 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
380 A4 0.178 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
390 A4 0.118 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
400 A4 0.072 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
410 A4 0.057 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
420 A4 0.051 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
430 A4 0.047 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
440 A4 0.045 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
450 A4 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
460 A4 0.043 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
470 A4 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
480 A4 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
490 A4 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
500 A4 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
510 A4 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
520 A4 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
530 A4 0.046 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
540 A4 0.048 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
550 A4 0.051 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
560 A4 0.055 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
570 A4 0.059 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
580 A4 0.063 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
590 A4 0.068 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
600 A4 0.072 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
610 A4 0.077 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
620 A4 0.082 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
630 A4 0.086 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
640 A4 0.091 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
650 A4 0.094 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
660 A4 0.097 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
670 A4 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
680 A4 0.101 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
690 A4 0.101 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
700 A4 0.101 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
300 A5 0.666 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
310 A5 0.713 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
320 A5 0.532 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
330 A5 0.297 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
340 A5 0.219 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
350 A5 0.202 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
360 A5 0.206 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
370 A5 0.190 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
380 A5 0.173 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
390 A5 0.114 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
400 A5 0.071 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
410 A5 0.056 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
420 A5 0.050 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
430 A5 0.047 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
440 A5 0.045 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
450 A5 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
460 A5 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
470 A5 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
480 A5 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
490 A5 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
500 A5 0.041 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
510 A5 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
520 A5 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
530 A5 0.045 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
540 A5 0.048 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
550 A5 0.050 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
560 A5 0.054 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
570 A5 0.057 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
580 A5 0.061 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
590 A5 0.066 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
600 A5 0.070 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
610 A5 0.075 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
620 A5 0.079 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
630 A5 0.084 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
640 A5 0.088 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
650 A5 0.091 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
660 A5 0.094 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
670 A5 0.096 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
680 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
690 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
700 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
300 A6 0.663 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
310 A6 0.709 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
320 A6 0.529 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
330 A6 0.294 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
340 A6 0.215 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
350 A6 0.200 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
360 A6 0.203 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
370 A6 0.188 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
380 A6 0.172 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
390 A6 0.115 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
400 A6 0.071 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
410 A6 0.057 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
420 A6 0.050 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
430 A6 0.047 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
440 A6 0.045 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
450 A6 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
460 A6 0.043 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
470 A6 0.043 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
480 A6 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
490 A6 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
500 A6 0.042 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
510 A6 0.043 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
520 A6 0.044 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
530 A6 0.045 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
540 A6 0.048 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
550 A6 0.051 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
560 A6 0.053 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
570 A6 0.057 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
580 A6 0.062 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
590 A6 0.066 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
600 A6 0.071 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
610 A6 0.076 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
620 A6 0.080 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
630 A6 0.084 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
640 A6 0.088 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
650 A6 0.092 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
660 A6 0.095 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
670 A6 0.097 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
680 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
690 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
700 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
300 B1 0.365 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
310 B1 0.324 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
320 B1 0.284 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
330 B1 0.237 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
340 B1 0.208 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
350 B1 0.187 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
360 B1 0.162 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
370 B1 0.119 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
380 B1 0.080 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
390 B1 0.060 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
400 B1 0.050 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
410 B1 0.047 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
420 B1 0.046 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
430 B1 0.045 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
440 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
450 B1 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
460 B1 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
470 B1 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
480 B1 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
490 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
500 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
510 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
520 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
530 B1 0.036 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
540 B1 0.036 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
550 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
560 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
570 B1 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
580 B1 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
590 B1 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
600 B1 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
610 B1 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
620 B1 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
630 B1 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
640 B1 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
650 B1 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
660 B1 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
670 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
680 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
690 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
700 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
300 B2 0.363 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
310 B2 0.323 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
320 B2 0.283 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
330 B2 0.236 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
340 B2 0.208 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
350 B2 0.187 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
360 B2 0.162 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
370 B2 0.119 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
380 B2 0.080 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
390 B2 0.060 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
400 B2 0.051 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
410 B2 0.047 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
420 B2 0.045 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
430 B2 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
440 B2 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
450 B2 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
460 B2 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
470 B2 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
480 B2 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
490 B2 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
500 B2 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
510 B2 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
520 B2 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
530 B2 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
540 B2 0.037 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
550 B2 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
560 B2 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
570 B2 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
580 B2 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
590 B2 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
600 B2 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
610 B2 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
620 B2 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
630 B2 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
640 B2 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
650 B2 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
660 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
670 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
680 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
690 B2 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
700 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
300 B3 0.357 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
310 B3 0.320 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
320 B3 0.280 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
330 B3 0.233 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
340 B3 0.205 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
350 B3 0.184 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
360 B3 0.161 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
370 B3 0.119 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
380 B3 0.081 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
390 B3 0.061 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
400 B3 0.051 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
410 B3 0.048 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
420 B3 0.046 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
430 B3 0.045 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
440 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
450 B3 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
460 B3 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
470 B3 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
480 B3 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
490 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
500 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
510 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
520 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
530 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
540 B3 0.038 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
550 B3 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
560 B3 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
570 B3 0.039 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
580 B3 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
590 B3 0.040 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
600 B3 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
610 B3 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
620 B3 0.041 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
630 B3 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
640 B3 0.042 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
650 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
660 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
670 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
680 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
690 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
700 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
300 B4 0.357 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
310 B4 0.283 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
320 B4 0.249 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
330 B4 0.213 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
340 B4 0.189 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
350 B4 0.170 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
360 B4 0.149 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
370 B4 0.110 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
380 B4 0.077 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
390 B4 0.061 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
400 B4 0.054 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
410 B4 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
420 B4 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
430 B4 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
440 B4 0.050 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
450 B4 0.048 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
460 B4 0.045 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
470 B4 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
480 B4 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
490 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
500 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
510 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
520 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
530 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
540 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
550 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
560 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
570 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
580 B4 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
590 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
600 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
610 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
620 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
630 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
640 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
650 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
660 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
670 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
680 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
690 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
700 B4 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
300 B5 0.351 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
310 B5 0.273 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
320 B5 0.241 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
330 B5 0.206 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
340 B5 0.183 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
350 B5 0.166 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
360 B5 0.145 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
370 B5 0.108 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
380 B5 0.076 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
390 B5 0.061 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
400 B5 0.053 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
410 B5 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
420 B5 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
430 B5 0.051 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
440 B5 0.050 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
450 B5 0.048 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
460 B5 0.045 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
470 B5 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
480 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
490 B5 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
500 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
510 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
520 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
530 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
540 B5 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
550 B5 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
560 B5 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
570 B5 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
580 B5 0.039 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
590 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
600 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
610 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
620 B5 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
630 B5 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
640 B5 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
650 B5 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
660 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
670 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
680 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
690 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
700 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
300 B6 0.376 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
310 B6 0.293 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
320 B6 0.258 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
330 B6 0.218 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
340 B6 0.193 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
350 B6 0.174 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
360 B6 0.153 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
370 B6 0.115 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
380 B6 0.082 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
390 B6 0.064 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
400 B6 0.055 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
410 B6 0.053 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
420 B6 0.053 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
430 B6 0.054 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
440 B6 0.053 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
450 B6 0.050 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
460 B6 0.046 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
470 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
480 B6 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
490 B6 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
500 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
510 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
520 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
530 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
540 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
550 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
560 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
570 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
580 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
590 B6 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
600 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
610 B6 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
620 B6 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
630 B6 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
640 B6 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
650 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
660 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
670 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
680 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
690 B6 0.045 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
700 B6 0.045 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
300 C1 0.385 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
310 C1 0.353 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
320 C1 0.327 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
330 C1 0.303 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
340 C1 0.314 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
350 C1 0.342 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
360 C1 0.367 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
370 C1 0.323 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
380 C1 0.194 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
390 C1 0.135 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
400 C1 0.106 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
410 C1 0.086 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
420 C1 0.063 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
430 C1 0.052 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
440 C1 0.048 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
450 C1 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
460 C1 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
470 C1 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
480 C1 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
490 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
500 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
510 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
520 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
530 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
540 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
550 C1 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
560 C1 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
570 C1 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
580 C1 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
590 C1 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
600 C1 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
610 C1 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
620 C1 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
630 C1 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
640 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
650 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
660 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
670 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
680 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
690 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
700 C1 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
300 C2 0.442 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
310 C2 0.434 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
320 C2 0.372 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
330 C2 0.301 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
340 C2 0.295 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
350 C2 0.316 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
360 C2 0.337 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
370 C2 0.300 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
380 C2 0.192 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
390 C2 0.132 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
400 C2 0.100 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
410 C2 0.081 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
420 C2 0.063 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
430 C2 0.054 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
440 C2 0.050 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
450 C2 0.048 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
460 C2 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
470 C2 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
480 C2 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
490 C2 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
500 C2 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
510 C2 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
520 C2 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
530 C2 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
540 C2 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
550 C2 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
560 C2 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
570 C2 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
580 C2 0.046 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
590 C2 0.047 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
600 C2 0.049 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
610 C2 0.050 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
620 C2 0.051 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
630 C2 0.053 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
640 C2 0.054 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
650 C2 0.055 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
660 C2 0.056 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
670 C2 0.056 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
680 C2 0.056 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
690 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
700 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
300 C3 0.366 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
310 C3 0.337 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
320 C3 0.314 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
330 C3 0.293 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
340 C3 0.305 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
350 C3 0.334 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
360 C3 0.361 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
370 C3 0.319 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
380 C3 0.192 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
390 C3 0.135 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
400 C3 0.107 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
410 C3 0.087 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
420 C3 0.064 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
430 C3 0.053 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
440 C3 0.049 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
450 C3 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
460 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
470 C3 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
480 C3 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
490 C3 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
500 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
510 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
520 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
530 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
540 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
550 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
560 C3 0.038 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
570 C3 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
580 C3 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
590 C3 0.039 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
600 C3 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
610 C3 0.040 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
620 C3 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
630 C3 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
640 C3 0.041 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
650 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
660 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
670 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
680 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
690 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
700 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
300 C4 0.374 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
310 C4 0.310 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
320 C4 0.290 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
330 C4 0.276 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
340 C4 0.289 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
350 C4 0.318 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
360 C4 0.346 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
370 C4 0.308 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
380 C4 0.191 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
390 C4 0.138 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
400 C4 0.112 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
410 C4 0.093 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
420 C4 0.073 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
430 C4 0.064 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
440 C4 0.059 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
450 C4 0.054 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
460 C4 0.050 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
470 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
480 C4 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
490 C4 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
500 C4 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
510 C4 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
520 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
530 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
540 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
550 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
560 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
570 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
580 C4 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
590 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
600 C4 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
610 C4 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
620 C4 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
630 C4 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
640 C4 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
650 C4 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
660 C4 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
670 C4 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
680 C4 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
690 C4 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
700 C4 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
300 C5 0.369 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
310 C5 0.301 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
320 C5 0.282 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
330 C5 0.268 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
340 C5 0.283 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
350 C5 0.313 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
360 C5 0.341 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
370 C5 0.303 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
380 C5 0.189 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
390 C5 0.137 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
400 C5 0.110 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
410 C5 0.092 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
420 C5 0.073 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
430 C5 0.065 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
440 C5 0.060 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
450 C5 0.056 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
460 C5 0.051 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
470 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
480 C5 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
490 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
500 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
510 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
520 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
530 C5 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
540 C5 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
550 C5 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
560 C5 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
570 C5 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
580 C5 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
590 C5 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
600 C5 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
610 C5 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
620 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
630 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
640 C5 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
650 C5 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
660 C5 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
670 C5 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
680 C5 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
690 C5 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
700 C5 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
300 C6 0.377 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
310 C6 0.293 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
320 C6 0.275 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
330 C6 0.265 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
340 C6 0.278 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
350 C6 0.308 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
360 C6 0.335 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
370 C6 0.298 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
380 C6 0.186 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
390 C6 0.136 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
400 C6 0.110 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
410 C6 0.093 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
420 C6 0.074 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
430 C6 0.066 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
440 C6 0.061 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
450 C6 0.056 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
460 C6 0.051 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
470 C6 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
480 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
490 C6 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
500 C6 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
510 C6 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
520 C6 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
530 C6 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
540 C6 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
550 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
560 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
570 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
580 C6 0.039 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
590 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
600 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
610 C6 0.040 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
620 C6 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
630 C6 0.041 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
640 C6 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
650 C6 0.042 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
660 C6 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
670 C6 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
680 C6 0.043 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
690 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
700 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
300 D1 0.415 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
310 D1 0.392 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
320 D1 0.351 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
330 D1 0.307 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
340 D1 0.310 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
350 D1 0.339 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
360 D1 0.364 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
370 D1 0.339 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
380 D1 0.224 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
390 D1 0.145 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
400 D1 0.109 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
410 D1 0.083 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
420 D1 0.062 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
430 D1 0.055 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
440 D1 0.052 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
450 D1 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
460 D1 0.047 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
470 D1 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
480 D1 0.045 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
490 D1 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
500 D1 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
510 D1 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
520 D1 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
530 D1 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
540 D1 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
550 D1 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
560 D1 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
570 D1 0.045 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
580 D1 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
590 D1 0.047 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
600 D1 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
610 D1 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
620 D1 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
630 D1 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
640 D1 0.052 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
650 D1 0.053 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
660 D1 0.053 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
670 D1 0.054 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
680 D1 0.054 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
690 D1 0.054 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
700 D1 0.054 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
300 D2 0.406 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
310 D2 0.383 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
320 D2 0.343 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
330 D2 0.300 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
340 D2 0.304 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
350 D2 0.332 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
360 D2 0.357 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
370 D2 0.331 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
380 D2 0.218 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
390 D2 0.141 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
400 D2 0.106 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
410 D2 0.080 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
420 D2 0.061 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
430 D2 0.053 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
440 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
450 D2 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
460 D2 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
470 D2 0.045 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
480 D2 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
490 D2 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
500 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
510 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
520 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
530 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
540 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
550 D2 0.042 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
560 D2 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
570 D2 0.043 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
580 D2 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
590 D2 0.044 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
600 D2 0.045 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
610 D2 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
620 D2 0.047 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
630 D2 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
640 D2 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
650 D2 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
660 D2 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
670 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
680 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
690 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
700 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
300 D3 0.473 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
310 D3 0.486 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
320 D3 0.411 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
330 D3 0.320 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
340 D3 0.312 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
350 D3 0.343 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
360 D3 0.375 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
370 D3 0.356 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
380 D3 0.246 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
390 D3 0.159 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
400 D3 0.115 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
410 D3 0.086 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
420 D3 0.065 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
430 D3 0.058 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
440 D3 0.054 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
450 D3 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
460 D3 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
470 D3 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
480 D3 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
490 D3 0.047 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
500 D3 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
510 D3 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
520 D3 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
530 D3 0.046 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
540 D3 0.047 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
550 D3 0.048 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
560 D3 0.049 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
570 D3 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
580 D3 0.052 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
590 D3 0.053 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
600 D3 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
610 D3 0.058 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
620 D3 0.059 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
630 D3 0.061 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
640 D3 0.062 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
650 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
660 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
670 D3 0.065 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
680 D3 0.066 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
690 D3 0.066 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
700 D3 0.065 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
300 D4 0.423 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
310 D4 0.344 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
320 D4 0.304 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
330 D4 0.267 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
340 D4 0.264 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
350 D4 0.283 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
360 D4 0.303 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
370 D4 0.284 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
380 D4 0.204 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
390 D4 0.141 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
400 D4 0.109 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
410 D4 0.090 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
420 D4 0.076 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
430 D4 0.068 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
440 D4 0.064 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
450 D4 0.059 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
460 D4 0.055 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
470 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
480 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
490 D4 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
500 D4 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
510 D4 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
520 D4 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
530 D4 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
540 D4 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
550 D4 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
560 D4 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
570 D4 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
580 D4 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
590 D4 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
600 D4 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
610 D4 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
620 D4 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
630 D4 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
640 D4 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
650 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
660 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
670 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
680 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
690 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
700 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
300 D5 0.392 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
310 D5 0.335 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
320 D5 0.299 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
330 D5 0.262 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
340 D5 0.262 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
350 D5 0.285 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
360 D5 0.307 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
370 D5 0.289 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
380 D5 0.204 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
390 D5 0.139 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
400 D5 0.107 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
410 D5 0.086 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
420 D5 0.071 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
430 D5 0.064 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
440 D5 0.059 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
450 D5 0.055 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
460 D5 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
470 D5 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
480 D5 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
490 D5 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
500 D5 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
510 D5 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
520 D5 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
530 D5 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
540 D5 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
550 D5 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
560 D5 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
570 D5 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
580 D5 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
590 D5 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
600 D5 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
610 D5 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
620 D5 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
630 D5 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
640 D5 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
650 D5 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
660 D5 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
670 D5 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
680 D5 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
690 D5 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
700 D5 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
300 D6 0.381 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
310 D6 0.329 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
320 D6 0.297 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
330 D6 0.263 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
340 D6 0.265 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
350 D6 0.289 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
360 D6 0.312 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
370 D6 0.293 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
380 D6 0.205 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
390 D6 0.139 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
400 D6 0.107 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
410 D6 0.085 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
420 D6 0.069 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
430 D6 0.063 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
440 D6 0.058 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
450 D6 0.054 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
460 D6 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
470 D6 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
480 D6 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
490 D6 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
500 D6 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
510 D6 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
520 D6 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
530 D6 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
540 D6 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
550 D6 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
560 D6 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
570 D6 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
580 D6 0.043 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
590 D6 0.044 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
600 D6 0.045 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
610 D6 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
620 D6 0.046 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
630 D6 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
640 D6 0.047 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
650 D6 0.048 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
660 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
670 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
680 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
690 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
700 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp

Let’s look at all the data:

# ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color =
# red_ox)) + geom_smooth(se = T)

ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color = red_ox)) + 
    geom_point()

This looks pretty much like the past notebook with interphenazine ET. If we look out at 690 for the PYO abs peak it looks like the orange PYOox is higher than all the other conditions. Let’s zoom into that region for a closer look:

ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color = red_ox)) + 
    geom_jitter(shape = 21) + coord_cartesian(xlim = c(600, 700), 
    ylim = c(0, 0.2))

Ok, this looks pretty much as we expected. All of the conditions show 690 abs closer to PYOred than PYOox.

Let’s try and condense this info into some pointranges:

df_690 <- df_meta %>% group_by(red_ox, Wavelength, DNA) %>% mutate(mean = mean(intensity), 
    sd = sd(intensity)) %>% filter(Wavelength == 690)

ggplot(df_690, aes(x = red_ox, y = intensity, color = DNA)) + 
    geom_jitter(shape = 21, width = 0.1) + geom_pointrange(data = . %>% 
    filter(rep == 1), aes(y = mean, ymin = mean - 2 * sd, ymax = mean + 
    2 * sd), position = position_jitter(width = 0.1))

Ok these pointranges show mean +/- 2 standard deviations. So it looks like for all of the conditions there’s no significant difference +/- ctDNA.

Abs690 Kinetic

The Spectrum data looks good, let’s also take a look at the kinetic data at 690 to see if there’s a difference in the reaction rates. First we’ll read it in:

df_kin <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_abs_690kinetic_1.csv") %>% 
    gather(key = "well", value = "intensity", -min)

df_kin_meta <- left_join(df_kin, metadata, by = "well")

df_kin_meta %>% kable() %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
min well intensity red ox red_ox DNA rep exp
0.10 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.27 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.43 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.60 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.77 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.93 A1 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
1.10 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
1.27 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
1.43 A1 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
1.60 A1 0.103 PBS PYO PBS_PYO FALSE 1 ref
0.10 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.27 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.43 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.60 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.77 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.93 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
1.10 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
1.27 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
1.43 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
1.60 A2 0.102 PBS PYO PBS_PYO FALSE 2 ref
0.10 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.27 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.43 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.60 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.77 A3 0.106 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.93 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
1.10 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
1.27 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
1.43 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
1.60 A3 0.107 PBS PYO PBS_PYO FALSE 3 ref
0.10 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.27 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.43 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.60 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.77 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.93 A4 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
1.10 A4 0.100 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
1.27 A4 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
1.43 A4 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
1.60 A4 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 1 ref
0.10 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.27 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.43 A5 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.60 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.77 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.93 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
1.10 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
1.27 A5 0.097 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
1.43 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
1.60 A5 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 2 ref
0.10 A6 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.27 A6 0.099 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.43 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.60 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.77 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.93 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
1.10 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
1.27 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
1.43 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
1.60 A6 0.098 PBS PYO PBS_PYO TRUE 3 ref
0.10 B1 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.27 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.43 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.60 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.77 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.93 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
1.10 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
1.27 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
1.43 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
1.60 B1 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 1 ref
0.10 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.27 B2 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.43 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.60 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.77 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.93 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
1.10 B2 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
1.27 B2 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
1.43 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
1.60 B2 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 2 ref
0.10 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.27 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.43 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.60 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.77 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.93 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
1.10 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
1.27 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
1.43 B3 0.044 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
1.60 B3 0.043 PYO PBS PYO_PBS FALSE 3 ref
0.10 B4 0.040 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.27 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.43 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.60 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.77 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.93 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
1.10 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
1.27 B4 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
1.43 B4 0.041 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
1.60 B4 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 1 ref
0.10 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.27 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.43 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.60 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.77 B5 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.93 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
1.10 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
1.27 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
1.43 B5 0.043 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
1.60 B5 0.042 PYO PBS PYO_PBS TRUE 2 ref
0.10 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.27 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.43 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.60 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.77 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.93 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
1.10 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
1.27 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
1.43 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
1.60 B6 0.044 PYO PBS PYO_PBS TRUE 3 ref
0.10 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.27 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.43 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.60 C1 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.77 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.93 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
1.10 C1 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
1.27 C1 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
1.43 C1 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
1.60 C1 0.045 PCA PYO PCA_PYO FALSE 1 exp
0.10 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.27 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.43 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.60 C2 0.058 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.77 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.93 C2 0.058 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
1.10 C2 0.058 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
1.27 C2 0.057 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
1.43 C2 0.058 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
1.60 C2 0.058 PCA PYO PCA_PYO FALSE 2 exp
0.10 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.27 C3 0.042 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.43 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.60 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.77 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.93 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
1.10 C3 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
1.27 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
1.43 C3 0.043 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
1.60 C3 0.044 PCA PYO PCA_PYO FALSE 3 exp
0.10 C4 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.27 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.43 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.60 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.77 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.93 C4 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
1.10 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
1.27 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
1.43 C4 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
1.60 C4 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 1 exp
0.10 C5 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.27 C5 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.43 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.60 C5 0.046 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.77 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.93 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
1.10 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
1.27 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
1.43 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
1.60 C5 0.047 PCA PYO PCA_PYO TRUE 2 exp
0.10 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.27 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.43 C6 0.044 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.60 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.77 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.93 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
1.10 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
1.27 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
1.43 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
1.60 C6 0.045 PCA PYO PCA_PYO TRUE 3 exp
0.10 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.27 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.43 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.60 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.77 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.93 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
1.10 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
1.27 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
1.43 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
1.60 D1 0.056 PCN PYO PCN_PYO FALSE 1 exp
0.10 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.27 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.43 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.60 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.77 D2 0.050 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.93 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
1.10 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
1.27 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
1.43 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
1.60 D2 0.051 PCN PYO PCN_PYO FALSE 2 exp
0.10 D3 0.065 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.27 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.43 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.60 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.77 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.93 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
1.10 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
1.27 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
1.43 D3 0.064 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
1.60 D3 0.065 PCN PYO PCN_PYO FALSE 3 exp
0.10 D4 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.27 D4 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.43 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.60 D4 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.77 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.93 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
1.10 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
1.27 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
1.43 D4 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
1.60 D4 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 1 exp
0.10 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.27 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.43 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.60 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.77 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.93 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
1.10 D5 0.052 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
1.27 D5 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
1.43 D5 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
1.60 D5 0.051 PCN PYO PCN_PYO TRUE 2 exp
0.10 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
0.27 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
0.43 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
0.60 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
0.77 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
0.93 D6 0.050 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
1.10 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
1.27 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
1.43 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp
1.60 D6 0.049 PCN PYO PCN_PYO TRUE 3 exp

Now let’s look at the values over time (~2min)

ggplot(df_kin_meta, aes(x = min, y = intensity, color = DNA)) + 
    geom_point() + facet_wrap(~red_ox)

Ok, the intensity trends we observed with the spectra looks the same here. There are no obvious differences in slope, so I still don’t think we can say anything about reaction rates…they all proceed too fast.

Let’s collapse this data to pointranges too and see how it looks:

df_kin_well <- df_kin_meta %>% group_by(red_ox, DNA, rep) %>% 
    summarise(well_mean = mean(intensity), well_sd = sd(intensity))

ggplot(df_kin_well, aes(x = red_ox, y = well_mean, color = DNA)) + 
    geom_pointrange(aes(ymin = well_mean - 2 * well_sd, ymax = well_mean + 
        2 * well_sd), position = position_jitter(width = 0.1))

As expected the variation across the kinetic timepoints is very small. Let’s aggregate further into single point ranges percondition:

df_kin_exp <- df_kin_well %>% group_by(red_ox, DNA) %>% summarise(exp_mean = mean(well_mean), 
    exp_sd = sd(well_mean))

ggplot(df_kin_exp, aes(x = red_ox, y = exp_mean, color = DNA)) + 
    geom_pointrange(aes(ymin = exp_mean - 2 * exp_sd, ymax = exp_mean + 
        2 * exp_sd), position = position_dodge(width = 0.2))

Figure

Looks good, now let’s make a pretty figure:

labels = labels = c("PBS + PYO[ox]", "PYO[red] + PBS", "PCA[red] + PYO[ox]", 
    "PCN[red] + PYO[ox]")


plot_ctDNA_690 <- ggplot(df_kin_exp, aes(x = red_ox, y = exp_mean, 
    color = DNA)) + geom_pointrange(aes(ymin = exp_mean - 2 * 
    exp_sd, ymax = exp_mean + 2 * exp_sd), position = position_dodge(width = 0.2)) + 
    scale_x_discrete(limits = c("PBS_PYO", "PYO_PBS", "PCA_PYO", 
        "PCN_PYO"), labels = parse(text = labels)) + scale_color_manual(breaks = c(F, 
    T), labels = c("-DNA", "+DNA"), values = colorblind_palette) + 
    labs(x = NULL, y = "Absorbance at 690nm", color = NULL) + 
    theme(axis.text.x = element_text(size = 10, angle = 45, hjust = 1))

plot_ctDNA_690

Beautiful.

Fluorescence

Since we used fuorescence data to try to look for binding of reduced phenazines to ctDNA, let’s also see what that data look like:

df_fluor <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_fluor_360ex_460em_1.csv") %>% 
    gather(key = "well", value = "intensity", -min)

df_fluor_meta <- left_join(df_fluor, metadata, by = "well")

ggplot(df_fluor_meta, aes(x = min, y = intensity, color = DNA)) + 
    geom_point() + facet_wrap(~red_ox)

Interesting, sort of looks like no DNA yields higher signal…let’s aggregate and look at pointranges:

df_fluor_well <- df_fluor_meta %>% group_by(red_ox, rep, DNA) %>% 
    summarise(well_mean = mean(intensity), well_sd = sd(intensity))

ggplot(df_fluor_well, aes(x = red_ox, y = well_mean, color = DNA)) + 
    geom_pointrange(aes(ymin = well_mean - 2 * well_sd, ymax = well_mean + 
        2 * well_sd), position = position_jitter(width = 0.1))

Here we can definitely see that the values are lower + DNA. However, they are lower across the board…even for oxidized PYO, which has no fluorescence. Therefore I think this is mostly explained by the observed bias in the platereader, which produces lower fluorescence values in this for columns 4-6 than 1-3…

Conclusions

There is no evidence that DNA binding inhibits interphenazine ET to PYOox. Therefore inter phenazine ET may be compatible with DNA binding and retention of PYOox, while still facilitating rapid ET to O2.

Future directions?

One other experiment that may be worth trying is to test the reaction rates of PCAred and PCNred in the presence or absence of PYOox (and perhaps +/- ctDNA). My prediction is that the rate will be much faster in the presence of PYO, since interphenazine ET is very fast. This is something that I have thought about bringing up in the discussion of the paper, since it might sort of make sense that the system efficiently transfers electrons to oxygen, while allowing PYO to be retained and PCN/PCAred to be reoxidized quickly…may be too subtle of a point for the reader, but I think it’s pretty interesting and straightforward.

sessionInfo()
## R version 3.5.3 (2019-03-11)
## Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
## Running under: macOS Mojave 10.14.6
## 
## Matrix products: default
## BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] kableExtra_1.1.0  knitr_1.23        viridis_0.5.1    
##  [4] viridisLite_0.3.0 cowplot_0.9.4     forcats_0.4.0    
##  [7] stringr_1.4.0     dplyr_0.8.1       purrr_0.3.2      
## [10] readr_1.3.1       tidyr_0.8.3       tibble_2.1.3     
## [13] ggplot2_3.2.1     tidyverse_1.2.1  
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] tidyselect_0.2.5 xfun_0.7         haven_2.1.0      lattice_0.20-38 
##  [5] colorspace_1.4-1 generics_0.0.2   htmltools_0.3.6  yaml_2.2.0      
##  [9] rlang_0.4.0      pillar_1.4.2     glue_1.3.1       withr_2.1.2     
## [13] modelr_0.1.4     readxl_1.3.1     munsell_0.5.0    gtable_0.3.0    
## [17] cellranger_1.1.0 rvest_0.3.4      evaluate_0.14    labeling_0.3    
## [21] highr_0.8        broom_0.5.2      Rcpp_1.0.2       scales_1.0.0    
## [25] backports_1.1.4  formatR_1.7      webshot_0.5.1    jsonlite_1.6    
## [29] gridExtra_2.3    hms_0.4.2        digest_0.6.21    stringi_1.4.3   
## [33] grid_3.5.3       cli_1.1.0        tools_3.5.3      magrittr_1.5    
## [37] lazyeval_0.2.2   crayon_1.3.4     pkgconfig_2.0.3  xml2_1.2.0      
## [41] lubridate_1.7.4  assertthat_0.2.1 rmarkdown_1.13   httr_1.4.0      
## [45] rstudioapi_0.10  R6_2.4.0         nlme_3.1-137     compiler_3.5.3