library(tidyverse)
library(cowplot)
library(viridis)
library(knitr)
library(kableExtra)
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=60),tidy=TRUE, echo = TRUE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.align="center")
source("../../IDA/tools/plotting_tools.R")
theme_set(theme_1())
This experiment was an extension of the 09_17_2019 experiment in which I clearly established inter phenazine ET in solution. Upon starting to write that section of the paper (in vitro ET), I thought it may be useful to test whether or not DNA inhibited the reaction, since PYOox binds strongly to DNA. I assumed DNA would not inhibit, since it’s an equilibrium and there’s always some unbound…but I thought it was worth testing and pretty straightforward. We also knew that PodA could function on PYO in the presence of DNA.
Experiments were performed in a similar manner to the previous inter-phenazine solution ET notebook (09_17_2019). Mixtures were prepared in the anaerobic chamber with electrochemically reduced phenazines in serum bottles and oxidized phenazine solutions that had been in the chamber for at least 24 hrs. Measurements were done in black walled clear bottom plates that had been in the chamber > 1 week.
Each well contained the following.
150uL per well.
The plate reader program was - abs spectrum, kinetic run (~2min) with abs690, em460, em528, then another abs spectrum. Rows were setup one at a time with 6 wells each. Columns 1-3 did not contain DNA (PBS instead) and columns 4-6 did contain ctDNA.
Here’s the info for each well:
metadata <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_metadata.csv")
metadata %>% kable() %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
well | red | ox | red_ox | DNA | rep | exp |
---|---|---|---|---|---|---|
A1 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
A2 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
A3 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
A4 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
A5 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
A6 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
B1 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
B2 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
B3 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
B4 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
B5 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
B6 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
C1 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
C2 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
C3 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
C4 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
C5 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
C6 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
D1 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
D2 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
D3 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
D4 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
D5 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
D6 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
Now let’s read in the first absorbance spectra taken for each condition and we’ll add the appropriate metadata:
df <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_abs_spectra_1.csv") %>%
gather(key = "well", value = "intensity", -Wavelength)
df_meta <- left_join(df, metadata, by = "well")
df_meta %>% kable %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
Wavelength | well | intensity | red | ox | red_ox | DNA | rep | exp |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
300 | A1 | 0.685 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
310 | A1 | 0.777 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
320 | A1 | 0.569 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
330 | A1 | 0.302 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
340 | A1 | 0.224 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
350 | A1 | 0.212 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
360 | A1 | 0.217 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
370 | A1 | 0.202 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
380 | A1 | 0.181 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
390 | A1 | 0.115 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
400 | A1 | 0.067 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
410 | A1 | 0.052 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
420 | A1 | 0.046 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
430 | A1 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
440 | A1 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
450 | A1 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
460 | A1 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
470 | A1 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
480 | A1 | 0.039 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
490 | A1 | 0.039 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
500 | A1 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
510 | A1 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
520 | A1 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
530 | A1 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
540 | A1 | 0.048 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
550 | A1 | 0.051 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
560 | A1 | 0.055 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
570 | A1 | 0.059 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
580 | A1 | 0.064 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
590 | A1 | 0.068 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
600 | A1 | 0.074 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
610 | A1 | 0.079 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
620 | A1 | 0.084 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
630 | A1 | 0.088 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
640 | A1 | 0.093 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
650 | A1 | 0.096 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
660 | A1 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
670 | A1 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
680 | A1 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
690 | A1 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
700 | A1 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
300 | A2 | 0.687 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
310 | A2 | 0.778 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
320 | A2 | 0.570 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
330 | A2 | 0.304 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
340 | A2 | 0.226 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
350 | A2 | 0.214 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
360 | A2 | 0.219 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
370 | A2 | 0.203 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
380 | A2 | 0.181 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
390 | A2 | 0.115 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
400 | A2 | 0.068 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
410 | A2 | 0.052 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
420 | A2 | 0.047 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
430 | A2 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
440 | A2 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
450 | A2 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
460 | A2 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
470 | A2 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
480 | A2 | 0.039 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
490 | A2 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
500 | A2 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
510 | A2 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
520 | A2 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
530 | A2 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
540 | A2 | 0.048 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
550 | A2 | 0.051 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
560 | A2 | 0.054 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
570 | A2 | 0.058 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
580 | A2 | 0.062 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
590 | A2 | 0.067 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
600 | A2 | 0.072 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
610 | A2 | 0.078 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
620 | A2 | 0.082 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
630 | A2 | 0.087 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
640 | A2 | 0.091 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
650 | A2 | 0.095 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
660 | A2 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
670 | A2 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
680 | A2 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
690 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
700 | A2 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
300 | A3 | 0.706 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
310 | A3 | 0.812 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
320 | A3 | 0.591 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
330 | A3 | 0.308 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
340 | A3 | 0.225 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
350 | A3 | 0.214 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
360 | A3 | 0.222 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
370 | A3 | 0.210 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
380 | A3 | 0.191 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
390 | A3 | 0.121 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
400 | A3 | 0.071 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
410 | A3 | 0.055 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
420 | A3 | 0.049 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
430 | A3 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
440 | A3 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
450 | A3 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
460 | A3 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
470 | A3 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
480 | A3 | 0.039 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
490 | A3 | 0.039 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
500 | A3 | 0.040 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
510 | A3 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
520 | A3 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
530 | A3 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
540 | A3 | 0.049 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
550 | A3 | 0.052 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
560 | A3 | 0.055 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
570 | A3 | 0.060 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
580 | A3 | 0.065 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
590 | A3 | 0.070 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
600 | A3 | 0.076 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
610 | A3 | 0.082 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
620 | A3 | 0.086 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
630 | A3 | 0.091 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
640 | A3 | 0.096 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
650 | A3 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
660 | A3 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
670 | A3 | 0.105 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
680 | A3 | 0.106 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
690 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
700 | A3 | 0.106 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
300 | A4 | 0.688 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
310 | A4 | 0.740 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
320 | A4 | 0.551 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
330 | A4 | 0.306 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
340 | A4 | 0.225 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
350 | A4 | 0.209 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
360 | A4 | 0.212 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
370 | A4 | 0.197 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
380 | A4 | 0.178 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
390 | A4 | 0.118 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
400 | A4 | 0.072 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
410 | A4 | 0.057 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
420 | A4 | 0.051 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
430 | A4 | 0.047 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
440 | A4 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
450 | A4 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
460 | A4 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
470 | A4 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
480 | A4 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
490 | A4 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
500 | A4 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
510 | A4 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
520 | A4 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
530 | A4 | 0.046 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
540 | A4 | 0.048 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
550 | A4 | 0.051 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
560 | A4 | 0.055 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
570 | A4 | 0.059 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
580 | A4 | 0.063 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
590 | A4 | 0.068 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
600 | A4 | 0.072 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
610 | A4 | 0.077 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
620 | A4 | 0.082 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
630 | A4 | 0.086 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
640 | A4 | 0.091 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
650 | A4 | 0.094 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
660 | A4 | 0.097 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
670 | A4 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
680 | A4 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
690 | A4 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
700 | A4 | 0.101 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
300 | A5 | 0.666 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
310 | A5 | 0.713 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
320 | A5 | 0.532 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
330 | A5 | 0.297 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
340 | A5 | 0.219 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
350 | A5 | 0.202 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
360 | A5 | 0.206 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
370 | A5 | 0.190 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
380 | A5 | 0.173 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
390 | A5 | 0.114 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
400 | A5 | 0.071 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
410 | A5 | 0.056 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
420 | A5 | 0.050 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
430 | A5 | 0.047 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
440 | A5 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
450 | A5 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
460 | A5 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
470 | A5 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
480 | A5 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
490 | A5 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
500 | A5 | 0.041 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
510 | A5 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
520 | A5 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
530 | A5 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
540 | A5 | 0.048 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
550 | A5 | 0.050 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
560 | A5 | 0.054 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
570 | A5 | 0.057 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
580 | A5 | 0.061 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
590 | A5 | 0.066 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
600 | A5 | 0.070 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
610 | A5 | 0.075 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
620 | A5 | 0.079 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
630 | A5 | 0.084 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
640 | A5 | 0.088 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
650 | A5 | 0.091 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
660 | A5 | 0.094 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
670 | A5 | 0.096 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
680 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
690 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
700 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
300 | A6 | 0.663 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
310 | A6 | 0.709 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
320 | A6 | 0.529 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
330 | A6 | 0.294 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
340 | A6 | 0.215 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
350 | A6 | 0.200 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
360 | A6 | 0.203 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
370 | A6 | 0.188 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
380 | A6 | 0.172 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
390 | A6 | 0.115 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
400 | A6 | 0.071 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
410 | A6 | 0.057 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
420 | A6 | 0.050 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
430 | A6 | 0.047 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
440 | A6 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
450 | A6 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
460 | A6 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
470 | A6 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
480 | A6 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
490 | A6 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
500 | A6 | 0.042 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
510 | A6 | 0.043 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
520 | A6 | 0.044 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
530 | A6 | 0.045 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
540 | A6 | 0.048 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
550 | A6 | 0.051 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
560 | A6 | 0.053 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
570 | A6 | 0.057 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
580 | A6 | 0.062 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
590 | A6 | 0.066 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
600 | A6 | 0.071 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
610 | A6 | 0.076 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
620 | A6 | 0.080 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
630 | A6 | 0.084 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
640 | A6 | 0.088 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
650 | A6 | 0.092 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
660 | A6 | 0.095 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
670 | A6 | 0.097 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
680 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
690 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
700 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
300 | B1 | 0.365 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
310 | B1 | 0.324 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
320 | B1 | 0.284 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
330 | B1 | 0.237 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
340 | B1 | 0.208 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
350 | B1 | 0.187 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
360 | B1 | 0.162 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
370 | B1 | 0.119 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
380 | B1 | 0.080 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
390 | B1 | 0.060 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
400 | B1 | 0.050 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
410 | B1 | 0.047 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
420 | B1 | 0.046 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
430 | B1 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
440 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
450 | B1 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
460 | B1 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
470 | B1 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
480 | B1 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
490 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
500 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
510 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
520 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
530 | B1 | 0.036 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
540 | B1 | 0.036 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
550 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
560 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
570 | B1 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
580 | B1 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
590 | B1 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
600 | B1 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
610 | B1 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
620 | B1 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
630 | B1 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
640 | B1 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
650 | B1 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
660 | B1 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
670 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
680 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
690 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
700 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
300 | B2 | 0.363 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
310 | B2 | 0.323 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
320 | B2 | 0.283 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
330 | B2 | 0.236 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
340 | B2 | 0.208 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
350 | B2 | 0.187 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
360 | B2 | 0.162 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
370 | B2 | 0.119 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
380 | B2 | 0.080 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
390 | B2 | 0.060 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
400 | B2 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
410 | B2 | 0.047 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
420 | B2 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
430 | B2 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
440 | B2 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
450 | B2 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
460 | B2 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
470 | B2 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
480 | B2 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
490 | B2 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
500 | B2 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
510 | B2 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
520 | B2 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
530 | B2 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
540 | B2 | 0.037 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
550 | B2 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
560 | B2 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
570 | B2 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
580 | B2 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
590 | B2 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
600 | B2 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
610 | B2 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
620 | B2 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
630 | B2 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
640 | B2 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
650 | B2 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
660 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
670 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
680 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
690 | B2 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
700 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
300 | B3 | 0.357 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
310 | B3 | 0.320 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
320 | B3 | 0.280 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
330 | B3 | 0.233 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
340 | B3 | 0.205 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
350 | B3 | 0.184 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
360 | B3 | 0.161 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
370 | B3 | 0.119 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
380 | B3 | 0.081 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
390 | B3 | 0.061 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
400 | B3 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
410 | B3 | 0.048 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
420 | B3 | 0.046 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
430 | B3 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
440 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
450 | B3 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
460 | B3 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
470 | B3 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
480 | B3 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
490 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
500 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
510 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
520 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
530 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
540 | B3 | 0.038 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
550 | B3 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
560 | B3 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
570 | B3 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
580 | B3 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
590 | B3 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
600 | B3 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
610 | B3 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
620 | B3 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
630 | B3 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
640 | B3 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
650 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
660 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
670 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
680 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
690 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
700 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
300 | B4 | 0.357 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
310 | B4 | 0.283 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
320 | B4 | 0.249 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
330 | B4 | 0.213 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
340 | B4 | 0.189 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
350 | B4 | 0.170 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
360 | B4 | 0.149 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
370 | B4 | 0.110 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
380 | B4 | 0.077 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
390 | B4 | 0.061 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
400 | B4 | 0.054 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
410 | B4 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
420 | B4 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
430 | B4 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
440 | B4 | 0.050 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
450 | B4 | 0.048 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
460 | B4 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
470 | B4 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
480 | B4 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
490 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
500 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
510 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
520 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
530 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
540 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
550 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
560 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
570 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
580 | B4 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
590 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
600 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
610 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
620 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
630 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
640 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
650 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
660 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
670 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
680 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
690 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
700 | B4 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
300 | B5 | 0.351 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
310 | B5 | 0.273 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
320 | B5 | 0.241 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
330 | B5 | 0.206 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
340 | B5 | 0.183 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
350 | B5 | 0.166 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
360 | B5 | 0.145 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
370 | B5 | 0.108 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
380 | B5 | 0.076 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
390 | B5 | 0.061 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
400 | B5 | 0.053 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
410 | B5 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
420 | B5 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
430 | B5 | 0.051 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
440 | B5 | 0.050 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
450 | B5 | 0.048 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
460 | B5 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
470 | B5 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
480 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
490 | B5 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
500 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
510 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
520 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
530 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
540 | B5 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
550 | B5 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
560 | B5 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
570 | B5 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
580 | B5 | 0.039 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
590 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
600 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
610 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
620 | B5 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
630 | B5 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
640 | B5 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
650 | B5 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
660 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
670 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
680 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
690 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
700 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
300 | B6 | 0.376 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
310 | B6 | 0.293 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
320 | B6 | 0.258 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
330 | B6 | 0.218 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
340 | B6 | 0.193 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
350 | B6 | 0.174 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
360 | B6 | 0.153 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
370 | B6 | 0.115 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
380 | B6 | 0.082 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
390 | B6 | 0.064 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
400 | B6 | 0.055 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
410 | B6 | 0.053 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
420 | B6 | 0.053 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
430 | B6 | 0.054 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
440 | B6 | 0.053 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
450 | B6 | 0.050 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
460 | B6 | 0.046 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
470 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
480 | B6 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
490 | B6 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
500 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
510 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
520 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
530 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
540 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
550 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
560 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
570 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
580 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
590 | B6 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
600 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
610 | B6 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
620 | B6 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
630 | B6 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
640 | B6 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
650 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
660 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
670 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
680 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
690 | B6 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
700 | B6 | 0.045 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
300 | C1 | 0.385 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
310 | C1 | 0.353 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
320 | C1 | 0.327 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
330 | C1 | 0.303 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
340 | C1 | 0.314 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
350 | C1 | 0.342 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
360 | C1 | 0.367 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
370 | C1 | 0.323 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
380 | C1 | 0.194 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
390 | C1 | 0.135 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
400 | C1 | 0.106 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
410 | C1 | 0.086 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
420 | C1 | 0.063 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
430 | C1 | 0.052 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
440 | C1 | 0.048 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
450 | C1 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
460 | C1 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
470 | C1 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
480 | C1 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
490 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
500 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
510 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
520 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
530 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
540 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
550 | C1 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
560 | C1 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
570 | C1 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
580 | C1 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
590 | C1 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
600 | C1 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
610 | C1 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
620 | C1 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
630 | C1 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
640 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
650 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
660 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
670 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
680 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
690 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
700 | C1 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
300 | C2 | 0.442 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
310 | C2 | 0.434 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
320 | C2 | 0.372 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
330 | C2 | 0.301 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
340 | C2 | 0.295 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
350 | C2 | 0.316 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
360 | C2 | 0.337 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
370 | C2 | 0.300 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
380 | C2 | 0.192 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
390 | C2 | 0.132 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
400 | C2 | 0.100 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
410 | C2 | 0.081 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
420 | C2 | 0.063 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
430 | C2 | 0.054 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
440 | C2 | 0.050 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
450 | C2 | 0.048 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
460 | C2 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
470 | C2 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
480 | C2 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
490 | C2 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
500 | C2 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
510 | C2 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
520 | C2 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
530 | C2 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
540 | C2 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
550 | C2 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
560 | C2 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
570 | C2 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
580 | C2 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
590 | C2 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
600 | C2 | 0.049 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
610 | C2 | 0.050 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
620 | C2 | 0.051 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
630 | C2 | 0.053 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
640 | C2 | 0.054 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
650 | C2 | 0.055 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
660 | C2 | 0.056 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
670 | C2 | 0.056 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
680 | C2 | 0.056 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
690 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
700 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
300 | C3 | 0.366 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
310 | C3 | 0.337 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
320 | C3 | 0.314 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
330 | C3 | 0.293 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
340 | C3 | 0.305 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
350 | C3 | 0.334 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
360 | C3 | 0.361 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
370 | C3 | 0.319 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
380 | C3 | 0.192 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
390 | C3 | 0.135 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
400 | C3 | 0.107 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
410 | C3 | 0.087 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
420 | C3 | 0.064 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
430 | C3 | 0.053 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
440 | C3 | 0.049 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
450 | C3 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
460 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
470 | C3 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
480 | C3 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
490 | C3 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
500 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
510 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
520 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
530 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
540 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
550 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
560 | C3 | 0.038 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
570 | C3 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
580 | C3 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
590 | C3 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
600 | C3 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
610 | C3 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
620 | C3 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
630 | C3 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
640 | C3 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
650 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
660 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
670 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
680 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
690 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
700 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
300 | C4 | 0.374 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
310 | C4 | 0.310 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
320 | C4 | 0.290 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
330 | C4 | 0.276 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
340 | C4 | 0.289 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
350 | C4 | 0.318 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
360 | C4 | 0.346 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
370 | C4 | 0.308 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
380 | C4 | 0.191 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
390 | C4 | 0.138 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
400 | C4 | 0.112 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
410 | C4 | 0.093 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
420 | C4 | 0.073 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
430 | C4 | 0.064 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
440 | C4 | 0.059 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
450 | C4 | 0.054 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
460 | C4 | 0.050 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
470 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
480 | C4 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
490 | C4 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
500 | C4 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
510 | C4 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
520 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
530 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
540 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
550 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
560 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
570 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
580 | C4 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
590 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
600 | C4 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
610 | C4 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
620 | C4 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
630 | C4 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
640 | C4 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
650 | C4 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
660 | C4 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
670 | C4 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
680 | C4 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
690 | C4 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
700 | C4 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
300 | C5 | 0.369 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
310 | C5 | 0.301 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
320 | C5 | 0.282 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
330 | C5 | 0.268 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
340 | C5 | 0.283 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
350 | C5 | 0.313 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
360 | C5 | 0.341 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
370 | C5 | 0.303 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
380 | C5 | 0.189 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
390 | C5 | 0.137 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
400 | C5 | 0.110 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
410 | C5 | 0.092 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
420 | C5 | 0.073 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
430 | C5 | 0.065 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
440 | C5 | 0.060 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
450 | C5 | 0.056 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
460 | C5 | 0.051 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
470 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
480 | C5 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
490 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
500 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
510 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
520 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
530 | C5 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
540 | C5 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
550 | C5 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
560 | C5 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
570 | C5 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
580 | C5 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
590 | C5 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
600 | C5 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
610 | C5 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
620 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
630 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
640 | C5 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
650 | C5 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
660 | C5 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
670 | C5 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
680 | C5 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
690 | C5 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
700 | C5 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
300 | C6 | 0.377 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
310 | C6 | 0.293 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
320 | C6 | 0.275 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
330 | C6 | 0.265 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
340 | C6 | 0.278 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
350 | C6 | 0.308 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
360 | C6 | 0.335 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
370 | C6 | 0.298 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
380 | C6 | 0.186 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
390 | C6 | 0.136 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
400 | C6 | 0.110 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
410 | C6 | 0.093 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
420 | C6 | 0.074 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
430 | C6 | 0.066 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
440 | C6 | 0.061 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
450 | C6 | 0.056 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
460 | C6 | 0.051 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
470 | C6 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
480 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
490 | C6 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
500 | C6 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
510 | C6 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
520 | C6 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
530 | C6 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
540 | C6 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
550 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
560 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
570 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
580 | C6 | 0.039 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
590 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
600 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
610 | C6 | 0.040 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
620 | C6 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
630 | C6 | 0.041 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
640 | C6 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
650 | C6 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
660 | C6 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
670 | C6 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
680 | C6 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
690 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
700 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
300 | D1 | 0.415 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
310 | D1 | 0.392 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
320 | D1 | 0.351 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
330 | D1 | 0.307 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
340 | D1 | 0.310 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
350 | D1 | 0.339 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
360 | D1 | 0.364 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
370 | D1 | 0.339 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
380 | D1 | 0.224 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
390 | D1 | 0.145 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
400 | D1 | 0.109 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
410 | D1 | 0.083 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
420 | D1 | 0.062 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
430 | D1 | 0.055 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
440 | D1 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
450 | D1 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
460 | D1 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
470 | D1 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
480 | D1 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
490 | D1 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
500 | D1 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
510 | D1 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
520 | D1 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
530 | D1 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
540 | D1 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
550 | D1 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
560 | D1 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
570 | D1 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
580 | D1 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
590 | D1 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
600 | D1 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
610 | D1 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
620 | D1 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
630 | D1 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
640 | D1 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
650 | D1 | 0.053 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
660 | D1 | 0.053 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
670 | D1 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
680 | D1 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
690 | D1 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
700 | D1 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
300 | D2 | 0.406 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
310 | D2 | 0.383 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
320 | D2 | 0.343 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
330 | D2 | 0.300 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
340 | D2 | 0.304 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
350 | D2 | 0.332 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
360 | D2 | 0.357 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
370 | D2 | 0.331 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
380 | D2 | 0.218 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
390 | D2 | 0.141 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
400 | D2 | 0.106 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
410 | D2 | 0.080 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
420 | D2 | 0.061 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
430 | D2 | 0.053 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
440 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
450 | D2 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
460 | D2 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
470 | D2 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
480 | D2 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
490 | D2 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
500 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
510 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
520 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
530 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
540 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
550 | D2 | 0.042 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
560 | D2 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
570 | D2 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
580 | D2 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
590 | D2 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
600 | D2 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
610 | D2 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
620 | D2 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
630 | D2 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
640 | D2 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
650 | D2 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
660 | D2 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
670 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
680 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
690 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
700 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
300 | D3 | 0.473 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
310 | D3 | 0.486 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
320 | D3 | 0.411 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
330 | D3 | 0.320 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
340 | D3 | 0.312 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
350 | D3 | 0.343 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
360 | D3 | 0.375 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
370 | D3 | 0.356 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
380 | D3 | 0.246 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
390 | D3 | 0.159 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
400 | D3 | 0.115 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
410 | D3 | 0.086 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
420 | D3 | 0.065 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
430 | D3 | 0.058 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
440 | D3 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
450 | D3 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
460 | D3 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
470 | D3 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
480 | D3 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
490 | D3 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
500 | D3 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
510 | D3 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
520 | D3 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
530 | D3 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
540 | D3 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
550 | D3 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
560 | D3 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
570 | D3 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
580 | D3 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
590 | D3 | 0.053 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
600 | D3 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
610 | D3 | 0.058 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
620 | D3 | 0.059 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
630 | D3 | 0.061 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
640 | D3 | 0.062 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
650 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
660 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
670 | D3 | 0.065 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
680 | D3 | 0.066 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
690 | D3 | 0.066 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
700 | D3 | 0.065 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
300 | D4 | 0.423 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
310 | D4 | 0.344 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
320 | D4 | 0.304 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
330 | D4 | 0.267 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
340 | D4 | 0.264 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
350 | D4 | 0.283 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
360 | D4 | 0.303 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
370 | D4 | 0.284 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
380 | D4 | 0.204 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
390 | D4 | 0.141 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
400 | D4 | 0.109 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
410 | D4 | 0.090 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
420 | D4 | 0.076 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
430 | D4 | 0.068 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
440 | D4 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
450 | D4 | 0.059 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
460 | D4 | 0.055 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
470 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
480 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
490 | D4 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
500 | D4 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
510 | D4 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
520 | D4 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
530 | D4 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
540 | D4 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
550 | D4 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
560 | D4 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
570 | D4 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
580 | D4 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
590 | D4 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
600 | D4 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
610 | D4 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
620 | D4 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
630 | D4 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
640 | D4 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
650 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
660 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
670 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
680 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
690 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
700 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
300 | D5 | 0.392 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
310 | D5 | 0.335 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
320 | D5 | 0.299 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
330 | D5 | 0.262 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
340 | D5 | 0.262 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
350 | D5 | 0.285 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
360 | D5 | 0.307 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
370 | D5 | 0.289 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
380 | D5 | 0.204 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
390 | D5 | 0.139 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
400 | D5 | 0.107 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
410 | D5 | 0.086 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
420 | D5 | 0.071 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
430 | D5 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
440 | D5 | 0.059 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
450 | D5 | 0.055 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
460 | D5 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
470 | D5 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
480 | D5 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
490 | D5 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
500 | D5 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
510 | D5 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
520 | D5 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
530 | D5 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
540 | D5 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
550 | D5 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
560 | D5 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
570 | D5 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
580 | D5 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
590 | D5 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
600 | D5 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
610 | D5 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
620 | D5 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
630 | D5 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
640 | D5 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
650 | D5 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
660 | D5 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
670 | D5 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
680 | D5 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
690 | D5 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
700 | D5 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
300 | D6 | 0.381 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
310 | D6 | 0.329 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
320 | D6 | 0.297 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
330 | D6 | 0.263 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
340 | D6 | 0.265 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
350 | D6 | 0.289 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
360 | D6 | 0.312 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
370 | D6 | 0.293 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
380 | D6 | 0.205 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
390 | D6 | 0.139 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
400 | D6 | 0.107 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
410 | D6 | 0.085 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
420 | D6 | 0.069 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
430 | D6 | 0.063 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
440 | D6 | 0.058 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
450 | D6 | 0.054 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
460 | D6 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
470 | D6 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
480 | D6 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
490 | D6 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
500 | D6 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
510 | D6 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
520 | D6 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
530 | D6 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
540 | D6 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
550 | D6 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
560 | D6 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
570 | D6 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
580 | D6 | 0.043 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
590 | D6 | 0.044 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
600 | D6 | 0.045 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
610 | D6 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
620 | D6 | 0.046 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
630 | D6 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
640 | D6 | 0.047 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
650 | D6 | 0.048 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
660 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
670 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
680 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
690 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
700 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
Let’s look at all the data:
# ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color =
# red_ox)) + geom_smooth(se = T)
ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color = red_ox)) +
geom_point()
This looks pretty much like the past notebook with interphenazine ET. If we look out at 690 for the PYO abs peak it looks like the orange PYOox is higher than all the other conditions. Let’s zoom into that region for a closer look:
ggplot(df_meta, aes(x = Wavelength, y = intensity, color = red_ox)) +
geom_jitter(shape = 21) + coord_cartesian(xlim = c(600, 700),
ylim = c(0, 0.2))
Ok, this looks pretty much as we expected. All of the conditions show 690 abs closer to PYOred than PYOox.
Let’s try and condense this info into some pointranges:
df_690 <- df_meta %>% group_by(red_ox, Wavelength, DNA) %>% mutate(mean = mean(intensity),
sd = sd(intensity)) %>% filter(Wavelength == 690)
ggplot(df_690, aes(x = red_ox, y = intensity, color = DNA)) +
geom_jitter(shape = 21, width = 0.1) + geom_pointrange(data = . %>%
filter(rep == 1), aes(y = mean, ymin = mean - 2 * sd, ymax = mean +
2 * sd), position = position_jitter(width = 0.1))
Ok these pointranges show mean +/- 2 standard deviations. So it looks like for all of the conditions there’s no significant difference +/- ctDNA.
The Spectrum data looks good, let’s also take a look at the kinetic data at 690 to see if there’s a difference in the reaction rates. First we’ll read it in:
df_kin <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_abs_690kinetic_1.csv") %>%
gather(key = "well", value = "intensity", -min)
df_kin_meta <- left_join(df_kin, metadata, by = "well")
df_kin_meta %>% kable() %>% kable_styling() %>% scroll_box(height = "400px")
min | well | intensity | red | ox | red_ox | DNA | rep | exp |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0.10 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.27 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.43 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.60 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.77 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.93 | A1 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
1.10 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
1.27 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
1.43 | A1 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
1.60 | A1 | 0.103 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 1 | ref |
0.10 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.27 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.43 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.60 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.77 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.93 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
1.10 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
1.27 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
1.43 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
1.60 | A2 | 0.102 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 2 | ref |
0.10 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.27 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.43 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.60 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.77 | A3 | 0.106 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.93 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
1.10 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
1.27 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
1.43 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
1.60 | A3 | 0.107 | PBS | PYO | PBS_PYO | FALSE | 3 | ref |
0.10 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.27 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.43 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.60 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.77 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.93 | A4 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
1.10 | A4 | 0.100 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
1.27 | A4 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
1.43 | A4 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
1.60 | A4 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 1 | ref |
0.10 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.27 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.43 | A5 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.60 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.77 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.93 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
1.10 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
1.27 | A5 | 0.097 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
1.43 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
1.60 | A5 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 2 | ref |
0.10 | A6 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.27 | A6 | 0.099 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.43 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.60 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.77 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.93 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
1.10 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
1.27 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
1.43 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
1.60 | A6 | 0.098 | PBS | PYO | PBS_PYO | TRUE | 3 | ref |
0.10 | B1 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.27 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.43 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.60 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.77 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.93 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
1.10 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
1.27 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
1.43 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
1.60 | B1 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 1 | ref |
0.10 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.27 | B2 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.43 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.60 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.77 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.93 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
1.10 | B2 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
1.27 | B2 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
1.43 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
1.60 | B2 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 2 | ref |
0.10 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.27 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.43 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.60 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.77 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.93 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
1.10 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
1.27 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
1.43 | B3 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
1.60 | B3 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | FALSE | 3 | ref |
0.10 | B4 | 0.040 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.27 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.43 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.60 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.77 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.93 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
1.10 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
1.27 | B4 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
1.43 | B4 | 0.041 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
1.60 | B4 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 1 | ref |
0.10 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.27 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.43 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.60 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.77 | B5 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.93 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
1.10 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
1.27 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
1.43 | B5 | 0.043 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
1.60 | B5 | 0.042 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 2 | ref |
0.10 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.27 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.43 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.60 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.77 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.93 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
1.10 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
1.27 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
1.43 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
1.60 | B6 | 0.044 | PYO | PBS | PYO_PBS | TRUE | 3 | ref |
0.10 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.27 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.43 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.60 | C1 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.77 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.93 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.10 | C1 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.27 | C1 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.43 | C1 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.60 | C1 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.10 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.27 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.43 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.60 | C2 | 0.058 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.77 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.93 | C2 | 0.058 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.10 | C2 | 0.058 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.27 | C2 | 0.057 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.43 | C2 | 0.058 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.60 | C2 | 0.058 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.10 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.27 | C3 | 0.042 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.43 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.60 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.77 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.93 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.10 | C3 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.27 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.43 | C3 | 0.043 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.60 | C3 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.10 | C4 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.27 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.43 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.60 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.77 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.93 | C4 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.10 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.27 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.43 | C4 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.60 | C4 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.10 | C5 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.27 | C5 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.43 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.60 | C5 | 0.046 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.77 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.93 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.10 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.27 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.43 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.60 | C5 | 0.047 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.10 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.27 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.43 | C6 | 0.044 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.60 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.77 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.93 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.10 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.27 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.43 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.60 | C6 | 0.045 | PCA | PYO | PCA_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.10 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.27 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.43 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.60 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.77 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.93 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.10 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.27 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.43 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
1.60 | D1 | 0.056 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 1 | exp |
0.10 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.27 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.43 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.60 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.77 | D2 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.93 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.10 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.27 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.43 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
1.60 | D2 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 2 | exp |
0.10 | D3 | 0.065 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.27 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.43 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.60 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.77 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.93 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.10 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.27 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.43 | D3 | 0.064 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
1.60 | D3 | 0.065 | PCN | PYO | PCN_PYO | FALSE | 3 | exp |
0.10 | D4 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.27 | D4 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.43 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.60 | D4 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.77 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.93 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.10 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.27 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.43 | D4 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
1.60 | D4 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 1 | exp |
0.10 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.27 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.43 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.60 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.77 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.93 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.10 | D5 | 0.052 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.27 | D5 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.43 | D5 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
1.60 | D5 | 0.051 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 2 | exp |
0.10 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.27 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.43 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.60 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.77 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
0.93 | D6 | 0.050 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.10 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.27 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.43 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
1.60 | D6 | 0.049 | PCN | PYO | PCN_PYO | TRUE | 3 | exp |
Now let’s look at the values over time (~2min)
ggplot(df_kin_meta, aes(x = min, y = intensity, color = DNA)) +
geom_point() + facet_wrap(~red_ox)
Ok, the intensity trends we observed with the spectra looks the same here. There are no obvious differences in slope, so I still don’t think we can say anything about reaction rates…they all proceed too fast.
Let’s collapse this data to pointranges too and see how it looks:
df_kin_well <- df_kin_meta %>% group_by(red_ox, DNA, rep) %>%
summarise(well_mean = mean(intensity), well_sd = sd(intensity))
ggplot(df_kin_well, aes(x = red_ox, y = well_mean, color = DNA)) +
geom_pointrange(aes(ymin = well_mean - 2 * well_sd, ymax = well_mean +
2 * well_sd), position = position_jitter(width = 0.1))
As expected the variation across the kinetic timepoints is very small. Let’s aggregate further into single point ranges percondition:
df_kin_exp <- df_kin_well %>% group_by(red_ox, DNA) %>% summarise(exp_mean = mean(well_mean),
exp_sd = sd(well_mean))
ggplot(df_kin_exp, aes(x = red_ox, y = exp_mean, color = DNA)) +
geom_pointrange(aes(ymin = exp_mean - 2 * exp_sd, ymax = exp_mean +
2 * exp_sd), position = position_dodge(width = 0.2))
Looks good, now let’s make a pretty figure:
labels = labels = c("PBS + PYO[ox]", "PYO[red] + PBS", "PCA[red] + PYO[ox]",
"PCN[red] + PYO[ox]")
plot_ctDNA_690 <- ggplot(df_kin_exp, aes(x = red_ox, y = exp_mean,
color = DNA)) + geom_pointrange(aes(ymin = exp_mean - 2 *
exp_sd, ymax = exp_mean + 2 * exp_sd), position = position_dodge(width = 0.2)) +
scale_x_discrete(limits = c("PBS_PYO", "PYO_PBS", "PCA_PYO",
"PCN_PYO"), labels = parse(text = labels)) + scale_color_manual(breaks = c(F,
T), labels = c("-DNA", "+DNA"), values = colorblind_palette) +
labs(x = NULL, y = "Absorbance at 690nm", color = NULL) +
theme(axis.text.x = element_text(size = 10, angle = 45, hjust = 1))
plot_ctDNA_690
Beautiful.
Since we used fuorescence data to try to look for binding of reduced phenazines to ctDNA, let’s also see what that data look like:
df_fluor <- read_csv("data/2019_10_18_ET_ctDNA_fluor_360ex_460em_1.csv") %>%
gather(key = "well", value = "intensity", -min)
df_fluor_meta <- left_join(df_fluor, metadata, by = "well")
ggplot(df_fluor_meta, aes(x = min, y = intensity, color = DNA)) +
geom_point() + facet_wrap(~red_ox)
Interesting, sort of looks like no DNA yields higher signal…let’s aggregate and look at pointranges:
df_fluor_well <- df_fluor_meta %>% group_by(red_ox, rep, DNA) %>%
summarise(well_mean = mean(intensity), well_sd = sd(intensity))
ggplot(df_fluor_well, aes(x = red_ox, y = well_mean, color = DNA)) +
geom_pointrange(aes(ymin = well_mean - 2 * well_sd, ymax = well_mean +
2 * well_sd), position = position_jitter(width = 0.1))
Here we can definitely see that the values are lower + DNA. However, they are lower across the board…even for oxidized PYO, which has no fluorescence. Therefore I think this is mostly explained by the observed bias in the platereader, which produces lower fluorescence values in this for columns 4-6 than 1-3…
There is no evidence that DNA binding inhibits interphenazine ET to PYOox. Therefore inter phenazine ET may be compatible with DNA binding and retention of PYOox, while still facilitating rapid ET to O2.
One other experiment that may be worth trying is to test the reaction rates of PCAred and PCNred in the presence or absence of PYOox (and perhaps +/- ctDNA). My prediction is that the rate will be much faster in the presence of PYO, since interphenazine ET is very fast. This is something that I have thought about bringing up in the discussion of the paper, since it might sort of make sense that the system efficiently transfers electrons to oxygen, while allowing PYO to be retained and PCN/PCAred to be reoxidized quickly…may be too subtle of a point for the reader, but I think it’s pretty interesting and straightforward.
sessionInfo()
## R version 3.5.3 (2019-03-11)
## Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
## Running under: macOS Mojave 10.14.6
##
## Matrix products: default
## BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
##
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] kableExtra_1.1.0 knitr_1.23 viridis_0.5.1
## [4] viridisLite_0.3.0 cowplot_0.9.4 forcats_0.4.0
## [7] stringr_1.4.0 dplyr_0.8.1 purrr_0.3.2
## [10] readr_1.3.1 tidyr_0.8.3 tibble_2.1.3
## [13] ggplot2_3.2.1 tidyverse_1.2.1
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] tidyselect_0.2.5 xfun_0.7 haven_2.1.0 lattice_0.20-38
## [5] colorspace_1.4-1 generics_0.0.2 htmltools_0.3.6 yaml_2.2.0
## [9] rlang_0.4.0 pillar_1.4.2 glue_1.3.1 withr_2.1.2
## [13] modelr_0.1.4 readxl_1.3.1 munsell_0.5.0 gtable_0.3.0
## [17] cellranger_1.1.0 rvest_0.3.4 evaluate_0.14 labeling_0.3
## [21] highr_0.8 broom_0.5.2 Rcpp_1.0.2 scales_1.0.0
## [25] backports_1.1.4 formatR_1.7 webshot_0.5.1 jsonlite_1.6
## [29] gridExtra_2.3 hms_0.4.2 digest_0.6.21 stringi_1.4.3
## [33] grid_3.5.3 cli_1.1.0 tools_3.5.3 magrittr_1.5
## [37] lazyeval_0.2.2 crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 xml2_1.2.0
## [41] lubridate_1.7.4 assertthat_0.2.1 rmarkdown_1.13 httr_1.4.0
## [45] rstudioapi_0.10 R6_2.4.0 nlme_3.1-137 compiler_3.5.3